根據3月13日公布的《國務院機構改革方案》，將組建生態環境部。將環境保護部的職責，國家發展和改革委員會的應對應對氣候變化和減排職責，國土資源部的監督防止地下水污染職責，水利部的編制水功能區劃、排污口設置管理、流域水環境保護職責，農業部的監督指導農業面源污染治理職責，國家海洋局的海洋環境保護職責，國務院南水北調工程建設委員會辦公室的南水北調工程項目區環境保護職責整合，組建生態環境部，作為國務院組成部門。生態環境部對外保留國家核安全局牌子。
同時，《國務院機構改革方案》顯示，將不再保留環境保護部。
記者注意到，早在3月4日新華社受權發布的《中共中央關于深化黨和國家機構改革的決定》中就明確，改革自然資源和生態環境管理體制。實行最嚴格的生態環境保護制度，構建政府為主導、企業為主體、社會組織和公眾共同參與的環境治理體系，為生態文明建設提供制度保障。
實際上，在國務院諸多部門變革調整中，環境保護部,尤其值得關注從成立到發展完善的十年時間，它作為一個新的國務院組成部門在2008年機構改革后出現。
根據十一屆全國人大一次會議審議通過的國務院機構改革方案，環保部設立的最初職責是負責擬訂并實施環境保護規劃、政策和標準，組織編制環境功能區劃，監督管理環境污染防治，協調解決重大環境保護問題，還有環境政策的制訂和落實、法律的監督與執行、跨行政地區環境事務協調等任務。
環保部的前身最早可追溯至1974年10月，當時成立的國務院環境保護領導小組主要負責制定環保的方針、政策和規定，審定全國環保規劃，組織協調和督促檢查各地區、各部門的環保工作。在此后的機構改革中，環保部先后經歷了六次大的變革。從1982年5月國家建委、國家城建總局、建工總局、國家測繪局、國務院環境保護領導小組辦公室合并，共同組建城鄉建設環境保護部（內設環境保護局），到兩年后成立的國務院環境保護委員會；從1984年12月成立的國家環境保護局，到1988年7月獨立的國家環境保護局（副部級）問世，再到1998年6月的國家環保總局（正部級單位），直至2008年7月，國家環保總局再次升級為國家環境保護部，成為國務院組成部門。